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IF=39:谢渭芬、张新团队和罗成团队首次证实SOX9驱动了YAP蛋白的核转位
2024-05-19

YAP(Yes相关蛋白)是一种转录共激活蛋白。它通过从细胞质转位到细胞核而激活,从而调节基因表达并促进肿瘤发生。在细胞核内,YAP与TEAD、MAML1/2等伴侣蛋白的结合可促进YAP的细胞核滞留,进而刺激细胞增殖、存活和迁移,并驱动耐药性。

 

然而,与果蝇同源物Yorkie不同,目前尚未在哺乳动物YAP蛋白中发现经典的核定位信号(NLS)。那么,这就带来了一个有趣的问题,哺乳动物细胞中的YAP是如何入核的?

 

近日,海军军医大学第二附属医院谢渭芬、张新团队和中国科学院上海药物研究所罗成团队合作,在《Signal Transduction and Targeted Therapy》杂志(IF=39)上发表论文,回答了这个问题。

 

这项研究首次证明了SOX9是驱动YAP核转位的关键调节因子,并提出了通过靶向SOX9-YAP相互作用来治疗YAP驱动癌症的潜在策略。

 

图片来源:《Signal Transduction and Targeted Therapy》

(https://doi.org/10.1038/s41392-024-01805-4)

 

研究材料与方法

 

在这项研究中,研究人员从肝细胞癌(HCC)细胞着手开展研究。他们委托赛业生物构建了敲除SOX9的Huh-7细胞和HEK-293细胞,并利用过表达SOX9和YAP的慢病毒载体来评估蛋白功能。他们利用免疫共沉淀、体外pull-down分析、邻位连接分析(PLA)和微量热涌动(MST)分析等来探究蛋白之间的相互作用。

 

技术路线

 

1、利用SOX9基因敲除和过表达来研究SOX9对YAP活性的影响

2、分析SOX9与YAP之间的相互作用,验证SOX9促进YAP核转位的假设

3、通过蛋白突变分析探索SOX9与YAP相互作用的分子基础

4、开发竞争性多肽来破坏SOX9-YAP相互作用,并评估该多肽对肿瘤生长的影响

 

研究结果

 

1、SOX9通过直接相互作用促进YAP的核转位

作为一种转录因子,SOX9在多个生物过程中发挥关键作用。YAP和SOX9在许多肿瘤中被异常上调,成为推动肿瘤进展的关键调节因子。最近的研究发现,SOX9可能是YAP活性的正调节因子,具体取决于细胞微环境和肿瘤异质性。不过,SOX9是否会影响YAP的核转位,目前仍有待探索。

 

为了评估SOX9是否会影响YAP的激活,研究人员委托赛业生物构建了SOX9基因敲除(SOX9KO)的Huh-7细胞。RNA测序数据显示,在SOX9KO细胞中,YAP相关通路和YAP靶基因受到全面抑制。利用表达YAP的慢病毒感染Huh-7细胞后,他们观察到SOX9的缺失明显抑制了Huh-7细胞的增殖、迁移和侵袭。SOX9表达的升高显著增强了YAP靶基因的转录。这些结果确定了SOX9是肝细胞癌进展过程中YAP功能的强效调节因子。

 

研究人员接着检测了SOX9和YAP在肝细胞癌组织中的表达情况,以探索SOX9调节YAP功能的潜在机制。他们发现,YAP的细胞核水平与SOX9呈正相关(图1)。敲除SOX9会抑制Huh-7和HEK-293细胞中YAP的核转位,并降低YAP-TEAD的转录活性(其中HEK-293细胞也由赛业生物提供);相反,过表达SOX9则会显著增强细胞中的YAP活性并提高YAP的细胞核水平。

 

他们还观察到,SOX9和YAP的共表达可促进YAP的核转位,若SOX9未表达,则几乎观察不到YAP的核转位。这些数据表明,YAP的核转位需要SOX9。免疫共沉淀和体外pull-down分析证明,SOX9和YAP之间存在直接的相互作用。邻位连接分析(PLA)的结果也证实,细胞在感染了表达SOX9的慢病毒后,内源YAP和外源SOX9的聚集逐渐从细胞质转移至细胞核(图1)。这些结果支持了SOX9与YAP的直接相互作用促进YAP核转位的假设。

 

图1 SOX9通过与YAP直接相互作用来促进YAP的核转位[1]

 

2、SOX9与YAP相互作用的分子基础

 

接下来,研究人员探究了SOX9与YAP相互作用的分子基础。他们发现,含有HMG结构域(aa 94-210)的SOX9片段参与了YAP与SOX9的相互作用。进一步的分析表明,SOX9的HMG结构域中的N端NLS(aa 94-126)与YAP之间存在高亲和力相互作用(图2)。

 

之后,通过一系列分析,他们发现D125A突变降低了SOX9诱导的YAP在Huh-7细胞中的核转位和活性,也明显降低了SOX9对YAP诱导的转录激活和HCC细胞增殖的影响。这些结果表明D125残基是SOX9-YAP相互作用所必需的,也证实SOX9充当了YAP的细胞核“穿梭巴士”。

 

图2 SOX9的Asp-125残基是SOX9诱导YAP核转位所必需的[1]

 

分子对接分析表明,SOX9的D125残基同时与YAP的R124和S127相互作用。研究人员发现,R124K突变而非S127A突变显著削弱了YAP与SOX9的相互作用。此外,R124K突变也显著阻碍了YAP入核,并降低了YAP-TEAD的转录激活。与这些结果相一致的是,R124K突变也减少了YAP诱导的恶性增殖以及YAP在Huh-7细胞中的致癌作用。

 

他们之后使用了过表达YAP或YAPR124K的肝细胞特异性YAP基因敲除(YapHKO)小鼠,采用二乙基亚硝胺加四氯化碳法诱导小鼠患上肝细胞癌。所有YapHKO+hYAP小鼠(5/5)都形成了肉眼可见的肿瘤,而五只YapHKO+R124K小鼠中只有两只出现了小的肿瘤结节。这些数据表明,YAP的R124是YAP与SOX9相互作用的关键氨基酸,因此会影响YAP的致癌活性。

 

此外,研究人员还在HCC细胞和HCC标本中检测到YAP在R124位点的不对称二甲基化(YAP-R124me2a)。他们发现,精氨酸甲基转移酶PRMT1与YAP直接结合,催化了YAP-R124的不对称二甲基化。微量热涌动(MST)分析显示,YAP多肽(aa 115-135)与SOX9-HMG结构域的结合亲和力在R124me2a修饰后增加,但在R124K突变后消失,表明YAP-R124的不对称二甲基化增强了YAP与SOX9的相互作用。

 

越来越多的研究表明,YAP的激活对许多癌症的进展至关重要,但YAP的mRNA表达水平和蛋白水平与癌症患者的总生存期并无明显相关性。研究人员发现,与周围的非癌变组织相比,HCC组织中YAP-R124me2a的水平显著升高。重要的是,高水平的YAP-R124me2a与HCC患者的不良预后显著相关。这些结果表明,YAP-R124me2a有望作为多种腺癌的生物标志物和治疗靶点。

 

3、竞争性多肽可破坏SOX9与YAP的相互作用

 

基于以上这些结果,研究人员设计出一种多肽Pep-S-A1,包含参与SOX9-YAP相互作用的关键残基D125。分析表明,Pep-S-A1以剂量依赖的方式破坏了HCC细胞中YAP与SOX9的相互作用。用Pep-S-A1处理Huh-7细胞可降低YAP的细胞核水平并抑制YAP靶基因的表达。在体外和体内实验中,Pep-S-A1都能够抑制肿瘤生长。这些数据表明,破坏YAP与SOX9的相互作用可能是一种很有前景的肿瘤治疗策略(图3)。

 

图3 SOX9通过直接相互作用触发YAP入核的机制示意图[1]

 

研究结论

 

总的来说,这项研究揭示了SOX9一种之前从未发现的功能,作为关键癌基因的“摆渡”调节因子。同时,研究也阐明了YAP入核的分子机制。研究还表明,PRMT1催化的YAP-R124me2a可促进YAP核转位,并作为预测癌症患者生存结果的通用标志物。更重要的是,研究人员还发现SOX9-YAP复合物的解离是治疗YAP驱动癌症的潜在方法。

 

参考文献:

[1]Qian, H., Ding, CH., Liu, F. et al. SRY-Box transcription factor 9 triggers YAP nuclear entry via direct interaction in tumors. Sig Transduct Target Ther 9, 96 (2024). https://doi.org/10.1038/s41392-024-01805-4

SOX9;HEK-293细胞;Huh-7

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