相信在科研上默默努力的小伙伴一定听过或被安利过CRISPR-Cas基因编辑技术,小编在初次了解到这个技术时,感觉它太强大了!特别是在基因功能研究中,常常会用到CRISPR-Cas技术,例如构建基因敲除、基因定点突变和基因敲入的细胞等,方便和高效的标签已经牢牢贴在它的身上。今天带大家一起回顾CRISPR-Cas在细胞实验上的帮助吧!
1.基因敲除
基因敲除(Knock out,KO)是基因功能研究中的“减法”套路,也就是基因功能缺失的研究思路,当目的基因被敲除,基因功能丧失后,所出现的细胞表型变化我们便认为与该基因相关。同时,这个“减法”套路可以用RNAi技术在转录水平上实现,但RNAi技术的调控原理是靶向mRNA,与CRISPR-Cas技术的KO在效果上存在差异。那么,下面给大家回顾一下整个敲除实验的流程和注意细节!
首先,使用CRISPR-Cas进行敲除基因有两种策略——移码敲除和片段敲除。两种策略各有优缺点,需根据敲除细胞的类型和目的基因信息来综合选择。
设计合理有效的sgRNA是我们最终成功实现基因编辑的重要前提。这里需要注意的是要尽可能选择切割效率高效和特异性好的sgRNA,避免影响其他基因和脱靶等情况。
获取sgRNA后,我们需要将其和Cas转导到细胞内,常用的方法有RNP法、质粒法和慢病毒法。三种方法都各具特点,RNP法简便、快捷和敲除效率较好;慢病毒法的敲除效率高,但存在影响其它基因和脱靶的风险;质粒法方便、简易,但效率较低。
编辑过后的混合细胞池存在各种细胞类型,可通过稀释等方法获得单克隆细胞,然后再通过PCR和测序鉴定基因型,筛选目标基因型的单克隆。如果使用片段敲除的策略(敲除200bp以上),可通过PCR扩增敲除片段附近的区域,通过比较与野生型的电泳结果,能直观地知道敲除结果。当然也需要对扩增的PCR产物进行测序,进一步明确基因型。如果是移码突变策略,则需要扩增靶区域进行测序,明确基因型。
2.点突变、基因敲入
CRISPR-Cas技术也可进行细胞的基因定点突变和敲入。在sgRNA和Cas蛋白的基础上引入带有目的片段的Donor模板,启动细胞的同源重组修复机制,达到基因点突变或基因敲入。在开展实验时,需要注意的环节是sgRNA的设计、Donor模板的设计、细胞类型与生长状态和瞬转电压等。
在开展点突变实验时,除了上述的方法外,还能使用以CRISPR-Cas系统为基础的单碱基编辑器。单碱基编辑器包含sgRNA和融合蛋白两个部分。其中融合蛋白是由切割基因组能力大大降低的突变型Cas(dead Cas,dCas或nickase Cas,nCas)和促碱基转换的分子融合而成。在sgRNA引导下,融合蛋白到特定的基因组位置上编辑指定的碱基。
3.小结
CRISPR-Cas系统具有高效、精准和方便等特点,在经过不断开发和改进,已经进化出多个应用于不同场景的版本,为我们的实验提供了极大的助力。各位同学根据实验需求,科学运用CRISPR-Cas系统,注意实验细节,相信肯定能取得好的实验结果。