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Nat Commu(IF=14.7)朱鹤组发现“铁富集癌相关成纤维细胞”促进肿瘤免疫抑制
2024-11-29

铁,是维持人体正常生理功能所必需的微量金属营养元素。例如,在氧气运输、呼吸链电子传递、氧化还原平衡、大分子生物合成等方面,铁起到至关重要的作用。铁代谢失衡会引发多种免疫相关疾病,例如:铁缺失会导致B细胞细胞周期停滞并引发B细胞谱系发育受阻;铁超载则会促进CD4+T细胞病理性扩增,引发红斑狼疮的自身免疫表型。癌症本身也是异常增殖细胞逃避免疫系统监视,免受免疫细胞杀伤和清除的综合性疾病。然而,铁元素,特别是铁代谢,在癌症发生和恶性进展中起到何种作用,在肿瘤微环境中如何调控抗肿瘤免疫,这些科学问题仍然知之甚少。

 

 

最近,上海交通大学医学院附属仁济医院朱鹤研究员团队,发现在前列腺癌微环境中存在一群铁富集的癌相关成纤维细胞,根据英文缩写(Ferrum iron CAFs)作者将其命名为FerroCAF。FerroCAF在PCa中的比例随疾病进展而升高,并通过铁依赖的表观遗传学机制,促进PCa肿瘤免疫抑制。该项研究是继成肌纤维型CAF(myCAF)、免疫调节型CAF(iCAF)、抗原递呈型CAF(apCAF)、衰老型CAF(senCAF)等相继被报道后,我国学者揭示的促癌CAF新亚型:FerroCAF。

 

《Nature Communications》

 

研究材料和方法

作者利用单细胞测序技术(scRNA-seq)、多种前列腺癌(prostate cancer, PCa)转基因小鼠模型、前列腺癌临床组织样本,普鲁士蓝铁染色、连续切片免疫组化和免疫荧光染色、Ferro-Orange胞内铁探针流式检测技术,揭示了铁富集的CAF在包括前列腺癌、肺癌、卵巢癌等多种恶性肿瘤中普遍存在。值得一提的是:作者在验证FerroCAF通过分泌髓系细胞相关分泌蛋白(myeloid cell associated secretory protein, MASP)如CXCL1, CCL2, CSF1等募集髓系来源抑制性细胞MDSC、肿瘤相关巨噬细胞TAM等,促进肿瘤免疫抑制的研究中,使用了赛业生物(Cyagen)的C-NKG免疫缺陷型小鼠,并阐明了FerroCAFs发挥免疫抑制效应依赖于免疫细胞的功能。

 

技术路线

 

 

实验结果

1. 新型铁富集CAF在前列腺癌中随疾病进展而富集

图1 新型铁富集CAF在前列腺癌中随疾病进展而富集

 

作者利用scRNA-seq技术对感兴趣的CAF组分进行聚类,发现Cluster-1是唯一一群既随着肿瘤进展(从3月到12月)比例上升,且在两个时间点,占CAF中比例最高的亚群。KEGG分析揭示,Cluster-1有“元素吸收”和“铁死亡”两个关键特征。由于Cluster-1比例随着肿瘤生长而升高,并未发生铁死亡,作者进而从铁代谢的方向入手,通过普鲁士蓝铁染色实验,揭示了在肿瘤组织的基质区域存在一群铁富集的stromal cell。在补充数据中,作者利用连续组织切片,发现这群铁富集的stromal cell表达CAF标志物:PDPN,αSMA,PDGFR,S100A4,Vimentin等,同时不表达上皮Cd326/EpCam,不表达内皮Cd31,不表达免疫Cd45等谱系标记物,因此作者将其命名为铁富集的癌相关成纤维细胞FerroCAF。

 

2. FerroCAF的特异性标记物为Pvr,且分泌MASP细胞因子和炎性因子

 

图2 FerroCAF的特异性标记物为Pvr,且分泌MASP细胞因子和炎性因子

 

 作者利用scRNA-seq分析发现Cluster-1 FerroCAF特异性高表Pvr (poliovirus receptor), 进而用免疫荧光染色等方法验证了Pvr是FerroCAF可靠的特异性细胞表面标记物,并且在小鼠和人类前列腺癌FerroCAF中具有种属保守型。在FerroCAF排名靠前的差异表达基因中,绝大部分是髓系来源抑制性细胞(Myeloid Derived Suppressor Cell, MDSC)和肿瘤相关巨噬细胞(Tumor Associated Macrophage, TAM)相关的细胞因子和炎性因子,作者将其定义为MASP,包括CSF1,CCL2,CCL7,CXCL1,CXCL2等。这提示FerroCAFs可能通过MASP招募MDSC和TAM在肿瘤微环境中大量聚集。作者利用CellChat分析、条件性培养基刺激等实验阐明FerroCAFs和MDSC存在很强的“细胞-细胞通讯”活性,促进髓系细胞高表达Arg1, Il10,Tgfb等免疫抑制性因子。

 

3. FerroCAF铁富集是由Hmox1高表达催化Heme降解释放游离铁导致

 

 

图3 FerroCAF铁富集是由Hmox1高表达催化Heme降解释放游离铁导致

 

作者进而探究了导致FerroCAF铁富集表型的产生机制,研究者发现FerroCAF和其他CAF亚型相比,铁摄取、铁外排、铁储存等相关基因均无显著差异。有趣的是,和铁代谢密切相关的血红素加氧酶Hmox1在FerroCAF中高表达,Hmox1的经典生物学功能在于催化Heme降解,并释放游离铁Fe2+导致铁富集。作者为了验证该假说,利用Hmox1抑制剂(Zn-PP, iHmox1)和Hmox1敲低等方法,发现抑制或下调Hmox1之后,FerroCAF中铁含量显著下降,并且MASP的转录表达也受到显著抑制。

 

4. Hmox1抑制剂能显著抑制MDSC和TAM募集,并促进T细胞浸润和抗肿瘤免疫

 

 

 

图4 Hmox1抑制剂显著抑制MDSC和TAM募集,并促进T细胞浸润

 

作者接着利用同种移植实验将FerroCAF和小鼠PCa细胞混合后,使用了C-NKG免疫缺陷型小鼠(由赛业生物提供)对C57BL/6小鼠(雄性)进行前列腺原位同种移植实验。随机分组后,一组用Hmox1抑制剂Zn-PP(iHmox1)进行给药,另一组则用vehicle作为对照处理。作者在实验终点比较了上述两组小鼠的肿瘤大小、质量、增殖等指标,发现Hmox1抑制剂能显著抑制原位前列腺癌肿瘤生长。作者进而利用流式细胞术分析了肿瘤内MDSC、TAM、T细胞等浸润情况。尽管Hmox1抑制剂并未影响总体免疫细胞浸润,但深刻改变了瘤内免疫细胞的组分:MDSC(包括PMN-MDSC和M-MDSC)和促癌型M2-TAM的数量均显著下调;而抑癌型M1-TAM和Cd8+ T细胞的数量则显著增加。Hmox1抑制剂也促进了T细胞杀伤性相关基因如Gzmb、Ifng等表达。

 

5. FerroCAF中铁富集激活Kdm6b介导的表观遗传重编程启动MASP转录

 

 

图5 FerroCAF铁富集激活Kdm6b介导的表观遗传重编程启动MASP转录表达

 

作者进而探索铁富集的表型如何介导MASP的表达。由于CAF和cancer cell相比,其genetic层面的突变相对较少,其促癌功能的获得更多是由于epigenetic层面改变导致。基于此,作者设想铁富集可能激活了铁依赖的表观遗传学酶功能。为了验证该假说,作者检测FerroCAF中高表达的铁依赖的表观遗传因子,结果发现组蛋白去甲基化酶Kdm6b(催化H3K27me3去甲基化修饰)在FerroCAFs中显著性上调。生化实验验证了Kdm6b在FerroCAF中表达上调,以及H3K27me3修饰在FerroCAFs中水平下调。作者还利用CUT&Tag实验揭示,在Hmox1敲除后(Hmox1-KO)的FerroCAF中,和对照相比,anti-H3K27me3 antibody和DNA结合明显增强,在MASP相关的gene locus,H3K27me3的mark也显著上调。这提示:从Hmox1/iron/Kdm6b信号轴上游敲除Hmox1,能诱发下游Kdm6b活性被抑制,导致MASP基因在内的全基因组H3K27me3修饰增强,导致MASP相关基因转录抑制。

 

 

6. FerroCAF在前列腺癌中富集程度预示较差的临床预后

 

 

图6 FerroCAF在前列腺肿瘤中的富集程度预示着较差的临床预后

 

最后作者利用已发表的临床PCa的单细胞测序数据、TCGA数据等,将FerroCAF的特征性基因(signature genes):HMOX1、KDM6B、PVR、IL6、CCL2、CSF1、CXCL1等合并为一个基因集,命名为FerroScore用来反映FerroCAF的富集程度。结果显示:作者不仅在其他发表的scRNA-seq数据中找到了FerroCAF亚型的存在,也通过生信分析等手段揭示了FerroCAF的富集预示较高的免疫抑制性特征和较短的患者生存期。研究人员还检测了FerroCAF在其他类型癌症中的存在和临床相关性。令人意外的是,作者通过增强型普鲁士蓝铁染色、生信分析等方法,揭示FerroCAF在临床肺癌样本、卵巢癌样本中均存在HMOX1高表达、铁富集的FerroCAF。和前列腺癌类似,肺癌、卵巢癌中FerroCAF的富集程度中也预示着较高的免疫抑制性特征和较短的生存期。这提示FerroCAF在多种人类恶性肿瘤中广泛存在,也预示通过阻断Hmox1/iron/Kdm6b信号,抑制FerroCAF活性,能激活抗肿瘤免疫活性的广谱可适性。

 

 

图7 阻断Hmox1/iron/Kdm6b信号,抑制FerroCAF活性,进而激活抗肿瘤免疫在多种癌症中具有广谱可适性

 

实验结论

作者在前列腺癌微环境中揭示了一群未被报道的“铁富集的癌相关成纤维细胞(FerroCAF)”,利用生信分析、生化、细胞和动物实验阐明了FerroCAF中铁富集表型是由血红素加氧酶Heme Oxygenase 1 (Hmox1)高表达、催化血红素heme降解导致游离铁释放导致;铁聚集进而激活铁依赖的组蛋白去甲基化酶Kdm6b,后者促进髓系细胞相关分泌蛋白(myeloid cell associated secretory protein, MASP)如CXCL1, CCL2, CSF1等转录表达,募集髓系来源抑制性细胞MDSC、肿瘤相关巨噬细胞TAM等,促进前列腺癌肿瘤免疫抑制。作者明确了Hmox1/iron/Kdm6b信号轴在维持FerroCAF细胞铁富集表型、促肿瘤免疫抑制活性方面的关键作用。基于此,作者提出:通过抑制剂干预Hmox1/iron/Kdm6b信号轴,能有效抑制FerroCAF活性、促进Cd8+T细胞浸润、激活抗肿瘤免疫活性的治疗策略。作者还在其他癌症类型,例如小细胞肺癌、肺腺癌、恶性卵巢癌临床组织样本中也证实了FerroCAF跨癌种存在,也提示阻断FerroCAF免疫抑制活性,激活以前列腺癌为代表的“冷肿瘤”的抗肿瘤免疫活性,具有广谱可适性。

单细胞测序技术
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