配种前需检查种鼠健康状况，如毛发是否光亮顺滑、生殖器是否正常、体型是否健壮、五官是否有异常分泌物、精神状态是否正常、雌鼠是否有双阴道、爪号或者耳号是否正确等。
种鼠应从性能最好的配种对的后代中挑选，并且注意从“最近”生产的窝中挑选。选择体质强壮、被毛紧披有光泽、肥瘦适中、四肢有力、反应敏捷、外生殖器发育良好、眼鼻无异物、无外伤肿胀溃烂、肛门干净、粪粒均匀的小鼠。