药物筛选获得的多克隆细胞系由单克隆细胞株组成的。由于慢病毒整合位点与拷贝数的不确定性导致各个单克隆基因组存在异质性，使每个单克隆的目的基因表达水平和细胞表型也不相同。不经过单克隆化而继续传代培养，由于各单克隆的生长速度不一致（目的基因表达较低的克隆增殖速度较快），会存在生长优势抑制的问题，传代多次以后高表达目的基因的单克隆会逐渐消失，出现多克隆稳转株因多次传代而表达量逐渐下降的现象。因此，单克隆化可以提高稳转株基因组的均一性和表型的稳定性。

一般情况下，多克隆稳转株是可以满足我们的科研需求的，比如初步验证基因功能，其优点是节省了单克隆化的时间与经济成本。但得出的数据稳定性与重复性往往欠佳，如果想减少实验的波动，提高实验的可重复性，展现更加严谨的实验数据，则需要单克隆化。此外，用于工业生产的稳转株一般都需要进行单克隆化。工业生产中需要保证生产工艺和质量稳定可控，因此需要通过单克隆化将细胞库的异质性降至最低。此外，还有一些特殊的情况需要单克隆化。比如由于不同细胞系与目的基因自身生物学的特性，会存在转染效率低、表达效率过低或过高，构建得到的多克隆稳转株中只有个别克隆的符合表达需求，此时则需要进行单克隆化分选合适的细胞系。