1）病毒量不够：应充分调研文献报道，确定研究的组织/器官类型所使用的AAV滴度及用量。尽量在开展正式实验前，进行梯度式的病毒用量摸索预实验，摸索出最佳的病毒用量。

2）基因表达效率低：更换启动子或增加调控元件，调整目的基因结构。另外，基因序列本身的元件也可影响表达，例如GC含量、隐蔽性剪接位点、转录终止信号和核酸二级结构等。因此，密码子优化广泛用于增强AAV中目的基因表达。

3）细胞负反馈机制：少数基因受上下游严格调控，这种情况较难实现过表达/敲低。

4）内源基因表达情况：部分基因在某些器官/组织类型中为弱表达甚至不表达，此时对这些器官/组织类型感染敲低类型的AAV，可能无法得到理想效果。同理，部分基因在某些器官/组织类型中为显著高表达，此时对这些器官/组织类型感染过表达类型的AAV，也可能无法得到理想效果。