流式细胞术可以检测细胞凋亡，早期凋亡细胞磷脂酰丝氨酸（PS）从细胞膜内侧翻转到外侧，Annexin V能特异性地结合到PS。晚期凋亡细胞和坏死细胞的细胞膜完整性受损，导致染料（如丙啶碘（PI）或7-氨基放线菌素（7-AAD））可以渗透进入细胞内部并与DNA结合。流式细胞术通过结合荧光标记的Annexin V和PI来实现细胞凋亡的监控，来区分早期、晚期凋亡和坏死细胞。